A Keresztény Múzeum barokk gyűjteménye lényegesen szerényebb méretű a középkori, illetőleg a reneszánsz festészethez képest. A múzeumalapító
Simor János korában, a 19. században még túlburjánzónak, nyugtalannak és meghökkentőnek ítélték a 17-18. század művészetét. A higgadt, kiegyensúlyozott stílusokat többre értékelték, s ez az alapvetően negatív értékítélet hátrányosan befolyásolta barokk gyűjteményrész létrejöttét. Az osztrák barokk festészetből Simor János már győri püspökként jól ismerhette a székesegyház freskóinak alkotóját, a neves Franz Anton Maulbertschet, akinek a kortárs követői köréhez tartozó Sambach, Leicher, Cimbal és Winterhalter egy-két művel képviselteti magát a gyűjteményben. A nagy mestertől egy vitatott Utolsó vacsora jelenet ábrázolása szerepel az állandó kiállításon, mely 1962-ig az esztergomi Érseki Szeminárium tulajdonában volt. A meleg fény-árnyék hatások mesterét, Rembrandtot követte a német Zick és Trautmann a 18. század közepén. A Sopron megyei Vitnyéd község templomából származó két rendkívül jó kivitelű szobor magyar vagy osztrák mester munkája.
K.I.A gyűjtemény kiemelkedő műtárgyai:
